Предпринятые христианами в XIII в. «крестовые походы» открыли европейцам существование культурных ценностей Востока. Через арабов европейцы познакомились с античной философией. Особенно большое влияние приобрели работы Аристотеля, в которых античная мудрость получила энциклопедическое обобщение.

Аристотелевская философия ориентировала человека на познание окружающей действительности с помощью его чувств и разума. Она была воспринята образованными людьми как подлинное объяснение мира в противовес слепой догматической вере, с точки зрения которой истина давно уже открыта в «божественном откровении». В это же время пробуждается тяга к опытному познанию, зарождается свободомыслие и сопротивление авторитету церкви. Одним из представителей раннего свободомыслия был Петр Абеляр, который утверждал: «Нельзя уверовать в то, чего предварительно не понял».

В это время раздаются голоса, призывающие считать, что в философии могут быть признаны истинными даже такие положения, которые в богословии рассматриваются как ложные. Католическая церковь с ее традиционной линией на насаждение слепой веры, веры вопреки разуму переживает глубокий кризис, будучи неспособной противостоять этим новым веяниям.

В развернувшейся в XIII столетии борьбе между нарождающейся оппозицией католицизму, выступающей в защиту разума, и католической ортодоксией богослов Фома Аквинский (1225—1274) разработал учение о гармонии между верой и разумом, которое должно было укрепить позиции католицизма. В отличие от традиционной линии (августинизма) Фома Аквинский провозгласил, что разум не может противоречить вере и что его следует использовать как средство к познанию и утверждению истин веры. Философию Аристотеля он попытался превратить из врага в союзника церкви.

Впоследствии стремясь использовать в целях укрепления религиозной веры науку, католицизм возродил в конце XIX в. томизм с его главным принципом гармонии между верой и разумом. Согласно этому принципу религиозная вера и научное знание должны находиться в согласии и вести к общей истине. Разум и вера лишь различные пути, ведущие к познанию бога, потому что природа есть творение бога, и, познавая природу, разум познает бога. Если все же наука приходит к результатам, которые противоречат религиозным догмам, то такие результаты научного исследования должны быть отвергнуты как заблуждения слабого и бессильного человеческого разума. «Гармония» между верой и разумом строится, таким образом, в томизме на ограничении разума и слепом принятии религиозной догмы.

Современные последователи Фомы Аквинского рекламируют его доктрину как учение, полностью признавшее якобы права разума, ни в чем его не ограничивающее. Но «признание» разума заключается только в том, что его функция сводится к доказательству бытия бога, а все, что противоречит этому в открытиях науки, объясняется заблуждением; предпочтение отдается религиозной вере, разум ставится под ее контроль.

Несостоятельность принципа гармонии между верой и знанием убедительно раскрывается фактами из истории науки, свидетельствующими о том, что между религией и развивающейся наукой складывались не отношения согласия и гармонии, а отношения непрекращав-шейся борьбы. Христианство всеми силами и доступными ему средствами тормозило развитие научного знания. И сейчас вопреки настойчивым утверждениям богословов о том, что разногласия между наукой и религией ушли в прошлое, разделяющая их пропасть становится все глубже по мере развития научного знания. Антинаучность и враждебность религии разуму проявляются все более полно и наглядно. Осознавая это, многие современные богословы избирают иную тактику в отношении к науке, обоснованием которой служит учение о «двойственной истине», зародившееся в период средневековья.