В эпоху феодализма господствующей идеологией становится религия. Объясняется это тем, что интересы класса феодалов наиболее полно отражала и выражала религиозно-идеалистическая идеология. К тому же духовенство само было составной частью класса феодалов. Церковь, религиозные организации являлись крупными феодальными собственниками, а в ряде стран сосредоточили в своих руках и политическую власть. Религиозно-идеалистическая идеология стала безраздельно господствующей. Ф. Энгельс так характеризовал ее господство: «Церковь с ее феодальным землевладением служила реальной связью между различными странами; феодальная организация церкви служила религиозным освящением светского феодального государственного строя. Духовенство к тому же было единственным образованным классом. Отсюда само собой вытекало, что церковная догма была исходным моментом и основой всякого мышления. Юриспруденция, естествознание, философия — все содержание этих наук приводилось в соответствие с учением церкви»

Понятно, что в условиях безразделвного господства религиозной идеологии, жестокого преследования светскими и духовными властями всякой оппозиции к религии и стремления церковников подчинить полностью научную и философскую мысль религии передовые мыслители этой эпохи, атеисты и свободомыслящие не могли открыто высказывать свои взгляды и выступали часто в замаскированной форме. Так, нередко материализм и атеизм скрывались под формой деизма и пантеизма. К. Маркс писал, что «деизм — по крайней мере для материалиста — есть не более, как удобный и легкий способ отделаться от религии».

Однако это не означает, что в эпоху феодализма не было открытых критических выступлений, направленных против религии. Так, еще в ранний период феодализма в Китае атеистические и материалистические идеи отстаивал крупный философ Ван Чун (27—97 гг.). Он критиковал конфуцианство, отвергал мистическую идею о бессмертии души и утверждал, что все существующее состоит из материальной субстанции «ци». Позже другой китайский мыслитель, Фанъ Чжэнь (405—507 гг.) — автор атеистического трактата «О смертности души», выступал с критикой буддизма, доказывал неразрывную связь души человека с его телом.

В Индии материалистическую и атеистическую линию в борьбе с идеализмом и религией отстаивали в эпоху феодализма последователи философского учения чарва-ков-локаятиков. Эта материалистическая линия была тесно связана с развитием индийской науки, особенно астрономических, математических, физических, химических, медицинских знаний.

В борьбе за освобождение научной мысли от религиозной идеологии в эпоху феодализма широко использовалась теория двойственной истины, признававшая равноправие научных истин с догмами религии.

Типичными для того времени являются взгляды известного арабского мыслителя и ученого Ибн-Рошда (Аверроэса; 1126—1198 гг.). Аверроэс отвергал религиозную идею сотворения мира богом, отрицал чудеса, божественное откровение и силу молитв, считал, что материальный мир не имеет начала и конца во времени и неограничен в пространстве. Но вместе с тем он допускал существование бога как идеальной конечной причины. Сторонником теории двойственной истины был также и другой выдающийся ученый и философ этой эпохи — Абу Али ибн Сына, известный в Европе под именем Авиценны (980—1037 гг.), уроженец Бухары. Он учил, что материальный мир вечен, никем не сотворен; все тела состоят из материи; но признавал существование бога и утверждал, что существуют две различные субстанции— материальная и идеальная. Учение ибн Сины, по существу, было направлено против религиозной идеологии, хотя по условиям эпохи открыто и прямо нападать на религию было нельзя. Мусульманское духовенство относилось враждебно к учению ибн Сины и за скептическое отношение к мусульманской догматике обвинило его в ереси.

В течение ряда веков, начиная с X—XI, в средневековой философии происходила борьба между двумя течениями— номинализмом и реализмом. Номинализм представлял собой форму выражения оппозиционных настроений по отношению к господствующей церкви и часто приводил к ересям. В борьбе номинализма и реализма содержалась в скрытой форме борьба двух тенденций в философии — материализма и идеализма. В эту эпоху имели место и отдельные смелые выступления против господствующей схоластики в защиту свободного научного исследования природы. Так, английский мыслитель Роджер Бэкон (1214—1294 гг.), францисканский монах, проведший 14 лет в церковных тюрьмах, доказывал беспочвенность, пустоту и формализм схоластической философии и поставил вопрос об опыте как основе знаний, о необходимости исследования и познания подлинных причин реальных явлений природы.

Итак, даже в период средневековья, несмотря на безраздельное господство религиозной идеологии, засилье церкви, беспощадное преследование научной мысли и атеизма, церковникам не удалось полностью задушить атеизм и свободомыслие. Отличительной особенностью атеистической мысли в эту эпоху является то, что она не выступала в открытой форме, а иногда даже маскировалась в религиозные одеяния, шла на компромиссы, соглашаясь на равноправие религиозных догм и научных истин (учение о двойственной истине).

В объяснении происхождения религии многие ученые той эпохи, начиная примерно с начала XIII в., придерживались идеи о трех обманщиках — Моисее, Христе и Мухаммеде, создавших три мировые религии (иудаизм, христианство и ислам). Теория обмана в объяснении происхождения религии уже в эту эпоху приобретает весьма конкретную форму и является свидетельством сознательного критического сопоставления различных религий. В последующем развитии атеистической мысли эта идея развивается и систематизируется. Уже в XVI в. широкую известность приобретает анонимный «Трактат о трех обманщиках».

В последующий период, когда в результате развития науки и культуры, зарождения и развития капиталистических отношений и разложения феодализма происходит постепенное освобождение прогрессивной мысли от религиозно-схоластического гнета церкви, более открытой и последовательной становится борьба атеизма против религии.