Прежде чем исследователи обнаружили, что археи отличаются от бактерий, они называли их архебактериями, а не бактериями. Эти одноклеточные организмы существуют между Бактериальным и Эукарьяским царствами, разделяя некоторые клеточные характеристики обоих, обладая уникальными собственными характеристиками.

Мембраны в прокариотических клетках архей состоят из разветвленных углеводородных цепей, а их клеточные стенки не содержат пептидогликанов. Некоторые прокариотические клетки археи реагируют на антибиотики, которые воздействуют на клетки в домене Eukarya, но не реагируют на некоторые из антибиотиков, к которым чувствительны некоторые бактерии. Материал рРНК у архей полностью отличается от генетического материала, обнаруженного в клетках прокариотических бактерий. Большинство других характеристик клеток архей сходны с чертами бактерий прокариотических клеток.