Соотношение пурпурных цветов к белым цветкам 3: 1 у растений F2, которое соответствовало другим шести признакам гороха в образцах, полученных от чистокровных родителей, привлекло внимание Менделя из-за последствий этих отношений. Очевидно, что спаривание строго белых растений и строго пурпурных растений должно было привести к появлению дочерних растений, которые получали только фиолетовый «фактор» от пурпурного родителя и только белый «фактор» от белого родителя, и в теории эти факторы должны были присутствовать в равных количествах, несмотря на то, что растения F1 все фиолетовые.

Фиолетовый фактор был явно доминирующим, и его можно написать заглавной буквой P; белый фактор был назван рецессивным и может быть представлен соответствующей маленькой буквой р. Каждый из этих факторов позже стал известен как аллели; это просто две разновидности одного и того же гена, и они всегда появляются в одном и том же физическом месте. Например, ген цвета шерсти может быть в 11-й хромосоме данного существа; это означает, что независимо от того, кодирует ли аллель коричневый или черный, он может быть надежно найден в этом месте на обеих копиях 11-й хромосомы, которые несет существо.

Если тогда в пурпурном поколении F1 содержались факторы P и p (по одному на каждую хромосому), все «типы» этих растений можно было бы записать как Pp. Спаривание между этими растениями, которое, как указывалось, привело к появлению трех пурпурных растений на каждое белое растение, может дать следующие комбинации:

ПП, ПП, ПП, ПП

в равных пропорциях, если и только если каждый аллель передавался следующему поколению независимо, условие, которое, по мнению Менделя, было удовлетворено повторным появлением белых цветов в поколении F2. Глядя на эти буквенные комбинации, становится ясно, что только когда появляются два рецессивных аллеля в комбинации (pp), появляются белые цветы; три из каждых четырех растений F2 содержали по крайней мере один аллель P и были пурпурными.

С этим Мендель был на пути к славе и богатству (не совсем; его работа достигла своего пика в 1866 году, но не была опубликована до 1900 года, после того как он скончался). Но как бы ни была новаторской идея доминантных и рецессивных аллелей, из экспериментов Менделя можно было извлечь более важную информацию.