Команда исследователей из Стэнфордского университета, работающая с коллегами из Гладстонского Института науки о данных и биотехнологии и Университета Короля Абдулазиза, разработала программную систему, которая может быть использована для интегративного анализа доступности одноклеточного хроматина. В своей статье, опубликованной в журнале Nature Genetics, группа описывает программное обеспечение, платформы, на которых оно может быть запущено, и как оно может быть использовано исследователями.

В настоящее время исследователи могут создавать очень большие наборы данных, содержащие информацию об одноклеточном хроматине, материале, из которого состоят хромосомы, например ДНК и РНК. К сожалению, инструменты, позволяющие анализировать такие данные, ограничены. Одной из главных проблем является объем дополнительных данных, создаваемых в рамках такого анализа—он растет с такой скоростью, что перегружает память компьютера. В этой новой работе исследователи преодолели эту проблему с помощью разработки нового программного продукта под названием ArchR.

Новое программное обеспечение ориентировано на исследования, связанные с тем, как гены регулируются физическим расположением ДНК. ArchR может быть использован для анализа одноклеточных данных о доступности хроматина-он показывает, каким образом ДНК может быть вовлечена в транскрипцию. Более конкретно, он может быть использован для анализа одноклеточной кластеризации, двойного удаления, идентификации клеточной траектории и генерации унифицированного набора пиков.

Что делает программное обеспечение еще более полезным, так это то, что оно может работать без необходимости в высокопроизводительном компьютере. Исследователи проекта также утверждают, что он имеет простой в использовании интерфейс, который позволяет проводить различные сценарии анализа. Они также утверждают, что новое программное обеспечение запускает некоторые из тех же типов схем анализа, что и другие системы, но быстрее. И самое главное, из-за того, как он был разработан, проблемы с памятью больше не будут проблемой. Тестирование показало, что он способен работать с гораздо большими наборами данных, чем современные системы.

Исследователи отмечают, что новая система обеспечивает более простой способ комбинирования транскриптомного и эпигеномного анализа. Они предполагают, что их новое программное обеспечение имеет практическое применение для исследователей в этой области. Затем они планируют добавить больше функциональности в систему.

ИСТОЧНИК