Группа исследователей из Мичиганского государственного университета, Университета Индианы, Университета штата Огайо и Университета Тулейн провела исследование протеомики "сверху вниз" изогенных клеточных линий неметастатического и метастатического колоректального рака человека.

В своей работе, опубликованной в журнале Science Advances, группа описывает, как они использовали аналитическое программное обеспечение TopPIC и электрофорез-тандемную масс-спектрометрию для анализа белков в клеточных линиях клеток колоректального рака и что они при этом обнаружили.

Предыдущие исследования показали, что рак обычно вызывает проблемы не в развитии раковых опухолей, а в их метастазировании. В связи с этим ученые-медики ищут маркеры, по которым можно определить, есть ли у пациента не только определенный тип рака, но и метастазы.

В новой работе исследователи разработали и осуществили подход "сверху вниз" к изучению белков, связанных с развитием как метастатического, так и неметастатического колоректального рака, и их возможного использования в качестве маркеров заболевания.

В ходе работы исследователи проанализировали тысячи белков и протеоформ (особый тип белка) с помощью программного продукта под названием TopPIC в поисках ассоциаций с колоректальным раком. Они также провели масс-спектрометрические исследования с той же целью. Уникальный подход, использованный командой, позволил им напрямую измерить протеофомы, которые все еще были неповрежденными, что позволило изучить их специфические функции.

В общей сложности команда проанализировала 23 622 протеоформы и 2 332 белка и таким образом смогла выявить варианты, которые можно использовать для различения метастатических форм колоректального рака. Они также смогли определить около 17 300 протеоформ, связанных с неметастатическими формами колоректального рака. Исследователи также обнаружили, что обе клеточные линии имеют протеоформы, которые соответствуют определенным типам сигнализации и ферментов.

В заключение исследователи отметили, что их работа четко продемонстрировала, что клеточные линии метастатического и неметастатического колоректального рака имеют совершенно разные профили протеоформ. Такие профили, по их мнению, могут представлять собой биомаркеры, которые в скором времени можно будет искать в новых типах тестов, разработанных для их выявления, в рамках тестирования на колоректальный рак.