Группа клинических исследователей из Университета Гонконга (HKUMed) использовала клетки амниотической жидкости, полученные на 16-24 неделе беременности, в качестве нового типа образца для РНК-последовательностей в пренатальной диагностике, чтобы помочь большему числу семей в индивидуальном клиническом лечении. Это первое доказательное исследование, демонстрирующее потенциальную клиническую пользу РНК-последовательностей клеток амниотической жидкости. Результаты исследования опубликованы в журнале npj Genomic Medicine.

Редкие заболевания обычно имеют генетическую природу. Несмотря на то, что по отдельности редкие заболевания встречаются редко, в совокупности они составляют 1 к 67 в населении Гонконга, согласно предыдущему исследованию команды. Выявление генетической причины редких заболеваний может обеспечить точное консультирование для лучшего клинического ведения и планирования будущей беременности, что очень важно для поддержки пациентов. Современные технологии пренатальной диагностики в основном основаны на ДНК, при этом значительная часть (60-70%) остается недиагностированной, что приводит к клинической неопределенности и беспокойству родителей.

Недавно было обнаружено, что РНК-секвенирование увеличивает диагностический выход от 10% до 36%; однако ни одно из этих исследований не было посвящено пренатальной диагностике. Кроме того, несмотря на наличие хорошо разработанной большой базы данных, каталогизирующей профиль экспрессии генов в различных тканях у взрослых, аналогичные общедоступные наборы данных для клеток амниотической жидкости, отражающие эмбриологическую и фетальную стадии, отсутствуют. Таким образом, необходимо дальнейшее изучение и исследование РНК-последовательностей в пренатальном периоде.

Исследовательская группа продемонстрировала потенциальную клиническую пользу РНК-последовательностей клеток амниотической жидкости. Базовый уровень профиля экспрессии генов клеток амниотической жидкости был определен путем проведения РНК-секвенирования более 50 образцов амниотической жидкости. Установление профиля экспрессии генов было важным шагом в применении РНК-последовательностей в текущем выбранном рабочем процессе клинической диагностики.

Исследователи обнаружили, что количество хорошо экспрессируемых генов в клетках амниотической жидкости было сопоставимо с другими клинически доступными тканями, обычно используемыми для генетической диагностики различных категорий заболеваний. Исследовательская группа также сравнила данные РНК-секвенирования четырех пораженных плодов со структурными врожденными аномалиями с установленным базовым уровнем для выявления потенциальных отклонений.

В сотрудничестве с Мюнхенским техническим университетом (Германия) был адаптирован биоинформационный конвейер для улучшения обнаружения отклонений для последующего анализа. Дальнейшее углубленное изучение показало, что выбросы могут быть выявлены в генах, связанных с соответствующими структурными врожденными аномалиями у всех четырех пострадавших плодов. Выявление выбросов дает больше доказательств на уровне РНК, что помогает в диагностике.

Результаты этого исследования имеют важное значение для решения проблемы недиагностированных редких заболеваний в Гонконге. Впервые в литературе сообщается, что РНК-секвенирование клеток амниотической жидкости обеспечивает потенциальную клиническую пользу в пренатальной диагностике. С выявлением генетической причины возможна точная медицина, такая как индивидуальное клиническое ведение и преимплантационная генетическая диагностика для семей с семейным анамнезом.