Бактерии - это одноклеточные микроорганизмы. Они обладают цитоплазматической мембраной для защиты, а некоторые бактерии также несут еще один барьер, называемый капсулой. Обычно это полисахаридная капсула, хотя некоторые типы бактерий обладают капсулами на основе белка. Инкапсулированные бактерии являются одними из самых вирулентных. Микробиологи стремятся понять механизмы инкапсулированных бактерий, чтобы искать лучшее лечение и профилактику болезни.

Особая группа клеток прокариотических бактерий - суперфилум - включает в свою классификацию три члена: планктомицеты, веррукомикробию и хламидии, укороченные до ПВХ. Эти клетки, классифицированные в домене бактерий, обнаруживают признаки, обнаруженные как в клетках архей, так и в эукарьях. Некоторые из них имеют клеточные лунки, лишенные пептидогликана, сродни эукариотам и археям, а некоторые имеют мембраны, которые окружают части генетического материала клетки, что характерно для эукариотических клеток. В отличие от большинства прокариотических бактерий, некоторые прокариотические клетки из ПВХ делятся через почки или содержат стерины в мембранах.

Прежде чем исследователи обнаружили, что археи отличаются от бактерий, они называли их архебактериями, а не бактериями. Эти одноклеточные организмы существуют между Бактериальным и Эукарьяским царствами, разделяя некоторые клеточные характеристики обоих, обладая уникальными собственными характеристиками.

Мембраны в прокариотических клетках архей состоят из разветвленных углеводородных цепей, а их клеточные стенки не содержат пептидогликанов. Некоторые прокариотические клетки археи реагируют на антибиотики, которые воздействуют на клетки в домене Eukarya, но не реагируют на некоторые из антибиотиков, к которым чувствительны некоторые бактерии. Материал рРНК у архей полностью отличается от генетического материала, обнаруженного в клетках прокариотических бактерий. Большинство других характеристик клеток архей сходны с чертами бактерий прокариотических клеток.

Исследователи считали, что прокариотическая клетка, которая теперь называется цианобактерией, принадлежит к домену Eukarya в царстве растений. При ближайшем рассмотрении они обнаружили, что прокариотическая клетка не имела отчетливого ядра и что в ней также отсутствовали хлоропласты, небольшие части растений, которые содержат единицы, называемые пластидами, в которых происходит фотосинтез.

Процесс окрашивания по Граму, первоначально разработанный датским врачом Гансом Кристианом Грамом, является еще одним методом, который микробиолог использует для идентификации неизвестных бактерий. Этот процесс имеет два результата: грамотрицательный или грамположительный. Тест включает использование разноцветных пятен, которые сигнализируют о способности клетки поглощать пятно или нет. Химический состав клеточных стенок клеток прокариотических бактерий определяет, каким цветом становятся клетки бактерий.