Для понимания той роли, какую играет диалектика в качестве научного метода, применяемого при анализе общих проблем естественных наук и особенно их истории, исключительно важное значение имеют мысли Энгельса, касающиеся взаимного проникновения противоположностей и перехода в свою противоположность. В письме К. Шмидту от 1 ноября 1891 г. Энгельс четко охарактеризовал диалектическую картину противоречивого развития научной мысли.

Необходимость диалектического метода для естествоиспытателей Энгельс обосновывал тем положением, что собственное развитие естествознания привело к тому, что вынуждает привести метод мышления ученых в соответствие с объективным содержанием естественнонаучных открытий, т. е. с объективной диалектикой самой природы. Развернутый план «Диалектики природы» начинается с этой мысли: «Историческое введение: в естествознании, благодаря его собственному развитию, метафизическая концепция стала невозможной».

Рассмотрим теперь, как применял Энгельс принцип единства диалектики и теории познания в критике различного рода идеалистических и агностических концепций, особенно тех, которые были распространены в современном ему естествознании.

Диалектика, в понимании ее Энгельсом, есть учение о развитии путем противоречий, о взаимном проникновении противоположностей. Поэтому, руководствуясь диалектикой, Энгельс не ограничивается критикой лишь одной из двух противоположных, но одинаково сползающих к антиматериалистическим выводам концепций, каждая из которых метафизически изолирует лишь одну сторону живого противоречия и игнорирует или даже отрицает полностью противоположную ей сторону. Он критикует обе концепции в их взаимосвязи, поскольку обе они, несмотря на кажущуюся свою противоположность, едины в гносеологическом отношении. Они имеют общие гносеологические источники (в виде метафизического способа мышления) и приводят к общим (в смысле антиматериалистического их характера) гносеологическим выводам.

Интересно проследить общий подход Энгельса к проблемам философии на разборе проблемы соотношения исторического и логического. Только на основе принципа единства исторического и логического можно дать обоснованный, аргументированный всеми данными науки, прежде всего естествознания, ответ на основной вопрос философии. В логическом построении материалистических систем за первичное, исходное принимаются материя, природа, внешний мир, а за вторичное, производное от них — сознание, мышление, дух только потому, что в истории развития действительного мира материя, бытие, природа были исходными, первичными, по отношению к порожденным ими сознанию, мышлению, духу человека.