Во II в. начинает складываться постоянная и прочная организация христианских общин. Имущая часть их не мирится с прежними анархическими порядками. Начинается борьба с пророками. Управление общинами постепенно переходит в руки постоянных должностных лиц (клира), выбираемых из членов данной общины и принадлежащих к зажиточным слоям. Появляются пресвитеры (старейшины), или священники, диаконы (заведующие хозяйством) и епископы. Эти последние первоначально, по-видимому, были просто контролерами, надзиравшими за общественной кассой. Но в дальнейшем к ним переходит руководство общинными делами. В первом послании к Тимофею апостола Павла подчеркивается, что епископ должен принадлежать к людям состоятельным: «Епископ должен быть... хорошо управляющий домом своим... ибо, кто не умеет управлять собственным домом, тот будет ли пещись о церкви божией?» Уже в середине II в. пророки могли проповедовать только под контролем пресвитеров и епископов. Прежняя уравнительная практика — разделы имущества, коллективное питание — сокращается, все более и более заменяясь простой благотворительностью.

На первых порах государство относилось к христианству терпимо. Терпимость в религиозных вопросах вообще была характерна для Римской империи. Поэтому все известия о массовых гонениях на христиан при Нероне, Домициане и др. являются позднейшей выдумкой церковных писателей. Однако в христианстве были некоторые моменты, направленные против существующего строя, как, например, отрицательное отношение к культу императора. Поэтому провинциальные власти иногда возбуждали преследования христиан. Но эти преследования обычно не выходили за рамки одного города или одной провинции. Так было в Вифинии, когда наместником там был Плиний Младший, в г. Лионе при Марке Аврелии. Положение изменилось в III в. Борьба с кризисом требовала от римского правительства мобилизации всех как материальных, так и духовных сил. В середине III в. при императорах Деции и Валериане начались преследования христиан в общеимперском масштабе. Однако они не дали сколько-нибудь существенных результатов и вскоре прекратились сами собой. Последними, наиболее крупными гонениями были преследования христиан при императоре Диоклетиане и его преемниках. Они тянулись с перерывами с 303 до 311 г. Но и из этой попытки ничего не вышло, и в 313 г. императоры Константин и Лициний так называемым Миланским эдиктом легализовали новую религию. «Честолюбивый Константин,— пишет Энгельс,— убедился, что принять эту бессмысленную религию — лучшее средство для того, чтобы возвыситься до положения самодержца римского мира».

История взаимоотношений науки и религии — это история непрерывной борьбы между передовой мыслью и окостенелыми догмами, между знанием и суеверием. Пытки, костры, проклятия служили испытанным оружием церкви в этой борьбе. Опираясь на поддержку эксплуататорского государства, церковь на протяжении многих веков пыталась остановить прогресс культуры и науки. Лишь после того, как научные достижения, несмотря на ожесточенное противодействие церкви, получали всеобщее признание, проповедники религии вынуждены были шаг за шагом сдавать свои позиции.

Защитники религии нередко пытаются представить дело так, что наука якобы обязана своим происхождением религии: по их словам, исследование природы зародилось из религиозного культа. Подобные утверждения насквозь ложны. Первые начатки научных знаний возникали и развивались в ходе материального производства. Потребности производственной практики всегда были решающим стимулом развития научных знаний. Так, математика, и в частности геометрия, появилась в связи с необходимостью измерения земельных участков, проектирования каналов, строительства зданий. Для работ по орошению важно было также предсказать время разливов рек, а для этого нужно вычисление времен года, которое делается на основании астрономических наблюдений и выкладок. Древние вавилоняне смогли определить длину года. Им был известен «сарос»— период между двумя одинаковыми затмениями. Их определение величины этого периода расходилось на 19,5 минуты (длина сароса более 6585 суток).

В истории человеческого общества издавна происходит непримиримая борьба между развивающейся научной, атеистической мыслью и религией. Эта борьба являлась и является идеологической формой той ожесточенной классовой борьбы, которая характерна для всех классовых антагонистических формаций. Как правило, атеизм и материализм служили всегда идейным оружием передовых, прогрессивных классов и социальных групп общества в борьбе с реакцией. Религия же и идеалистическая философия служили и служат орудием реакционных и консервативных социальных групп и классов. На протяжении многих тысячелетий своего существования она оказывала тормозящее воздействие на все стороны общественной жизни людей. В прошлом, войдя прочно в жизнь людей, их быт, религиозные предрассудки притупляли классовое самосознание эксплуатируемых масс, вели к вражде и ненависти между людьми различных вероисповеданий, к массовым убийствам инаковерующих, к кровопролитным войнам, к жестокому преследованию свободной человеческой мысли. Духовное раскрепощение масс, их освобождение от реакционной религиозной идеологии, неразрывно связано с уничтожением социальных корней религии, с ликвидацией того общественного строя, который порождает и питает религиозные верования. Только с уничтожением классового эксплуататорского строя и построением социалистического общества создаются условия для полного и окончательного преодоления религии. Атеизм, отражающий в своем развитии поступательный ход истории и рост научных знаний, приобретает свою высшую форму в марксистском атеизме и в социалистическом обществе становится достоянием широких масс.